冯·霍恩海姆最初没有名字，只是克塞尔克塞斯王国的一名奴隶，被称作“23号”。他在地下实验室中遇见瓶中小人。瓶中小人教他识字、炼金术和知识，也给了他“霍恩海姆”这个名字。对一个没有身份的奴隶来说，这像是命运的恩赐；可瓶中小人的真正目的，是利用克塞尔克塞斯全体国民布置巨大的国土炼成阵。王国灭亡那天，霍恩海姆与瓶中小人都获得了由无数灵魂构成的不死身体。
霍恩海姆从灾难中活下来，却背负五十余万灵魂。与成为“父亲大人”的瓶中小人不同，他没有把这些灵魂当作燃料，而是在漫长岁月里一个个与他们对话，记住名字，承受他们的痛苦。他的不老不死不是祝福，而是一座随身携带的坟墓。为了阻止父亲大人再次用国家炼成阵吞噬亚美斯多利斯，霍恩海姆在几百年间行走各地，把反制炼成阵埋入地下。
在利塞布尔，霍恩海姆遇见特丽莎·艾尔利克，并第一次真正渴望成为普通人。他与特丽莎结婚，生下爱德华和阿尔冯斯。短暂家庭生活让他明白，自己仍有作为人去爱和被爱的可能。可父亲大人的计划逼近，他不得不离开家，继续布置阻止“约定之日”的准备。爱德华因此深深怨恨他，认为父亲抛弃了母亲和孩子，也间接导致特丽莎在孤独中死去。
霍恩海姆面对儿子时，总显得笨拙。他不擅解释，也不懂如何弥补多年缺席。爱德华的愤怒有充分理由，霍恩海姆也没有为自己辩解成无罪者。他只能在旅途中继续完成必须做的事，并尽可能保护两个孩子。阿尔冯斯更容易看见父亲的痛苦，爱德华则在逐渐接近父亲大人和克塞尔克塞斯真相后，才理解霍恩海姆离家的原因并非冷酷无情。
约定之日，父亲大人发动全国炼成阵，试图吞噬神。霍恩海姆与早已布置的反制阵、同伴们的行动以及亚美斯多利斯众人的生命意志共同阻止了灾厄。他体内无数灵魂化为保护人类的力量，与父亲大人利用灵魂支配世界的道路形成鲜明对照。战后，霍恩海姆已几乎耗尽生命，回到特丽莎墓前，在平静中死去，终于结束漫长漂泊。
他不是完美父亲，离家带来的伤无法被轻易抹去；但他从未放弃作为人的心。霍恩海姆用一生证明，贤者之石不必只意味着牺牲他人，也可以成为记住亡者、守护生者的重量。