宇智波佐助是木叶隐村宇智波一族的幸存者，也是第七班成员。幼年时，他仰望兄长宇智波鼬，渴望得到父亲认可，生活在一族名门的骄傲与兄长阴影之间。灭族之夜改变了一切：鼬杀死族人和父母，只留下佐助，并要求他怀着憎恨活下去。佐助从此把人生目标压缩成一件事：杀死鼬，为宇智波复仇。忍者学校中的优秀成绩、冷淡态度和对力量的执着，都围绕这个伤口生长。
加入第七班后，佐助与漩涡鸣人、春野樱、旗木卡卡西一起执行任务。最初的佐助傲慢而孤立，认为同伴只会拖累自己；但波之国任务、中忍考试和与强敌交战的经历让他逐渐承认第七班的羁绊。他会在白的攻击前保护鸣人，也会在危急时与樱和卡卡西并肩行动。鸣人这个被村子排斥却始终追赶他的同龄人，尤其触动了佐助。两人既是竞争者，也是彼此最不愿承认却最深的理解者。
中忍考试把佐助推向新的危险。大蛇丸在死亡森林给他种下咒印，既诱惑他追求力量，也让他第一次体会到身体被外来意志侵蚀的恐惧。与我爱罗的战斗中，卡卡西教给他的千鸟成为复仇道路上的新武器，却也让他更清楚自己和真正怪物之间的差距。小樱对他的关心、鸣人对他的追赶、卡卡西关于同伴的劝告，都曾短暂拉住他；但鼬再次出现后，月读中的惨剧把这些羁绊全部压回复仇之下。
佐助无法长期停留在温暖之中。鼬回到木叶、自己惨败于兄长，再加上鸣人的快速成长，使他重新被“力量不足”的恐惧吞没。大蛇丸的咒印给了他通向复仇的捷径，也把他从木叶推向叛逃。终结之谷一战中，佐助斩断护额，离开鸣人与第七班，选择以孤独换取力量。他在大蛇丸身边修行，掌握更强的雷遁、剑术与写轮眼运用，最终反噬大蛇丸，组建小队追击鼬。
“蛇”小队中的水月、香燐和重吾并不是佐助承认的同伴，却也不是完全可抛弃的工具。水月追求忍刀七人众的刀，香燐以感知和治疗支撑队伍，重吾则在杀意冲动中寻找能让自己安定的人。佐助以追杀鼬为唯一目标召集他们，表现得冷淡而实用；可在一次次战斗中，他也仍会本能地保护队员。直到真相揭开、仇恨转向木叶，“蛇”改名为“鹰”，这支队伍才被拖进更黑暗的复仇路线。
与鼬的决战并没有带来佐助期待的终点。鼬死后，带土揭开宇智波灭族背后的真相：鼬在木叶高层命令与一族政变之间被迫选择，背负叛忍之名保护村子和佐助。复仇对象随之从鼬转向木叶。佐助加入晓，改组小队为鹰，袭击八尾人柱力，闯入五影会谈，并亲手与团藏决战。仇恨使他越来越冷酷，甚至能为了目的抛弃同伴。直到秽土转生的鼬再次出现，他才开始追问村子、一族、兄长和忍者世界真正的结构。
团藏之战是佐助坠入黑暗最深的阶段之一。团藏手臂上的写轮眼与伊邪那岐，像是木叶高层把宇智波一族尸体继续当工具使用的证据。佐助以天照、须佐能乎和不断恶化的视力逼死团藏，却也在这一过程中几乎切断与香燐、小樱和旧日第七班的联系。鼬被秽土转生唤回后，没有再用谎言保护他，而是让佐助亲眼看见自己的选择与爱。佐助因此去见历代火影，追问“村子”和“忍者”究竟是什么。
第四次忍界大战中，佐助听取历代火影的回答后决定守护木叶，却并未回到过去的自己。他与鸣人、樱、卡卡西重组第七班，联手封印大筒木辉夜；战后，他提出以自己一人支配并承担全世界仇恨的“火影”道路，要处决尾兽和五影。终结之谷的最后一战让他与鸣人各失一臂，也让他终于承认鸣人始终没有放弃与他的连接。赎罪之旅后，佐助作为在暗处守护木叶的忍者继续行走，后来与樱成家，成为佐良娜的父亲。他的人生从复仇开始，最终转向以自己的眼睛背负世界的阴影。