大蛇丸是木叶隐村出身的天才忍者，与自来也、纲手并称传说三忍。幼年时，他在第二次忍界大战等残酷时代中成长，亲眼见过死亡如何夺走才能与愿望。大蛇丸由此产生近乎病态的求知欲：如果生命短暂，那么就要学会所有术，探究世界全部真理，并获得不会被死亡打断的身体。猿飞日斩看见他的天赋，也看见他眼中逐渐偏离人道的冷光。
为追求永生与禁术，大蛇丸开始进行人体实验，研究不尸转生、咒印、秽土转生等危险技术。他离开木叶，加入过晓，后来创建音隐村，把被抛弃、被追杀或拥有特殊血继的孩子们聚拢到自己身边。对君麻吕、药师兜等人来说，大蛇丸既像救赎者，又像利用者。他擅长看见他人渴望被需要的空洞，再把这种空洞塑造成自己的工具。
中忍考试时期，大蛇丸回到木叶，盯上宇智波佐助的身体。他在死亡森林中给佐助种下天之咒印，诱导这个被复仇吞噬的少年走向自己。木叶崩溃计划中，他与砂隐合作，袭击木叶，并亲手杀死恩师三代火影猿飞日斩。那一战中，猿飞以尸鬼封尽封住大蛇丸双手，使他失去结印能力，也让大蛇丸对新容器的执念更加急迫。
佐助后来投奔大蛇丸，为获得向鼬复仇的力量接受训练。大蛇丸想夺取佐助身体，佐助则把他当作可利用的力量源。最终，大蛇丸被佐助反噬封印，残余力量又在兜、咒印和白蛇细胞中延续。兜继承他的研究后，在第四次忍界大战中走向更极端的自我迷失。大蛇丸的遗产从未只是一个人，而是一整套把生命当实验材料的思想。
第四次忍界大战后期，大蛇丸被佐助复活，态度发生微妙变化。他协助复活历代火影，让佐助亲自向过去的木叶与忍者制度寻求答案。战后，大蛇丸没有完全成为传统意义上的善人，却被木叶监视并继续研究。到了下一代，他创造了巳月，并以更旁观的方式观察孩子如何选择道路。
他恐怖、残忍、极具魅力，也始终代表忍者世界对禁术与知识的欲望。蛇蜕皮后看似重生，却也留下旧皮。大蛇丸一次次换身体、换立场、换目标，真正不变的是那份想看见世界尽头的贪婪。