南束直太生活在马桥市，一个看似什么惊人之事都不会发生的地方。他是小学六年级生，常把自己装得冷静成熟，像已经看穿了大人、小孩和这座城市的无聊。可直太其实敏感、害羞又容易受伤。他讨厌酸味和辣味，连咖喱也只吃小孩口味；他嘴上说一切都很平常，心里却一直被兄长多助离开后的空洞、真见美的依赖和自己对“长大”的焦虑牵着走。
多助在美国打棒球，留下的球棒成了直太随身携带却迟迟挥不出去的东西。真见美把直太也叫作“Takkun”，像把对多助的感情投到他身上。直太明白这种称呼不完全属于自己，却又无法彻底拒绝。他想成为可靠的大人，想代替兄长站在某个位置上，可他越是装作无所谓，越显出内心还没有准备好。
晴原晴子骑着黄色Vespa闯入直太的日常，用电贝斯击中他的额头。自那以后，直太的头部成为N.O.通道，角、机器人和各种超出常识的物体从那里冒出。康帝最初也是从直太头中出现的存在之一。Medical Mechanica的巨大熨斗、宇宙海盗王亚特姆斯克的力量、亚麻罗的追踪和晴子的目的，让直太被迫站到马桥市怪异事件中心。
直太不是一开始就勇敢的人。他常被晴子牵着走，被真见美的孤独拖住，也会对父亲和祖父的荒唐感到难堪。他把成熟理解成不动声色，理解成不说“喜欢”、不挥棒、不承认害怕。可FLCL的事件让他明白，假装无所谓并不会让自己成为大人。真正要面对的不是额头里出现的怪物，而是自己想逃开的心情。
最终，直太挥出了那支棒，也说出了自己真正的喜欢与拒绝。他没有成为晴子那样的宇宙浪人，也没有简单替代兄长成为另一个“Takkun”。他仍会回到河堤、学校和南束家的饭桌，继续面对看似无聊的日常，但那份日常已经不再只是逃避。马桥市仍旧平凡，Medical Mechanica的影子也会过去；但对直太来说，真正发生过的惊人之事，是他终于能把属于自己的声音说出口。