桃园奈奈生原本只是普通女高中生。父亲因赌博欠债后失踪，她被讨债人赶出家门，连可以回去的地方都失去。就在无处可去时，奈奈生救下被狗追赶的神秘男子御影。御影把自己的“家”让给她，奈奈生按地址找到的却是一座破旧神社。更出乎意料的是，御影将土地神之印交给她，使她从寄人篱下的少女变成御影社的新任土地神。
奈奈生刚成为神明时几乎没有灵力，也不懂神社事务。御影留下的神使巴卫是曾经凶名赫赫的野狐妖怪，性格冷淡、毒舌，对一个人类女孩继任土地神极不服气。奈奈生却并不打算逃走。她向来莽撞，常因经验不足闯祸，却有明亮而顽强的前进力。为了让巴卫成为自己的神使，她以接吻缔结契约，从此开始在上学、打工般的神务和妖怪事件之间奔走。
御影社的生活让奈奈生不断学习“神”的含义。她要回应信徒愿望，处理结缘、净化和祭典，也要面对其他神明对人类土地神的轻视。瑞希成为第二神使后，神社更热闹，却也更考验奈奈生如何协调伙伴。鬼切与虎彻支持她，鞍马、沼皇女、龙王宿傩等相遇则让她逐渐明白，神明世界并不只是高高在上，也充满寂寞、执念和不被理解的情感。
奈奈生与巴卫的关系，是她成长中最困难也最珍贵的部分。巴卫起初只是履行神使职责，常用尖刻言语掩饰关心。奈奈生则从依赖他的力量，慢慢变成愿意站到他身边的人。她喜欢巴卫，却也知道人类寿命与妖怪生命之间横着巨大距离。巴卫过去曾与名为雪路的人类女子结下因缘，还被恶罗王与诅咒的历史束缚。奈奈生为了救他，穿越到过去，亲眼触碰那些被误认、错过和等待缠成的命运。
在过去篇中，奈奈生并不是旁观者。她的行动成为巴卫旧日记忆的一部分，也让御影离开神社、等待未来的选择有了意义。她既是后来继任的土地神，也是很久以前就被命运写进巴卫生命的人。面对恶罗王与黄泉相关事件时，奈奈生继续以人类之身做出神明般的决定：不是用力量压倒所有人，而是在混乱关系中寻找能让人继续活下去的结缘。
漫画终局，奈奈生完成作为土地神的使命，巴卫也选择成为人类。两人在经历神、人、妖之间漫长绕路后，以人的身份成婚，后来有了孩子。她的神力不总是强大，却总能把被抛弃的家重新变成有人等待的地方。