宫水三叶生活在飞驒山中的糸守町，是宫水神社家系的长女。母亲二叶早逝，父亲俊树离家从政，三叶与妹妹四叶由祖母一叶抚养。她在学校是普通的女高中生，在镇上却常被“町长的女儿”“神社的巫女”这些身份包围。宫水家的口嚼酒、结绳与祭祀传统让她感到羞耻，父亲的选举活动和小镇狭窄的人际视线也令她窒息。三叶真诚、直率，偶尔冲动；她不是讨厌家乡的山水，而是厌倦自己被家乡规定好的样子，因此才会在神社阶梯上喊出“来世要做东京的帅哥”。
这样的愿望以不可思议的方式实现。三叶开始梦见自己变成生活在东京的男高中生立花泷。醒来后，周围人却告诉她前一天的自己举止古怪；同时，泷也在东京经历同样的梦。两人很快发现，他们并非单纯做梦，而是在不定期交换身体。三叶借泷的身体体验东京的通勤、咖啡馆、打工与约会，也用泷的生活恶作剧般留下痕迹。泷则进入三叶的身体，面对糸守的学校、朋友、神社仪式和家庭矛盾。两人用手机备忘录约定规则，吵架、提醒、互相添麻烦，也在彼此生活中慢慢留下温度。
交换身体让三叶第一次真正从外部看见自己。她在泷的生活里感受东京的广阔，也通过泷对糸守的困惑重新看见家族传统的意义。祖母讲述“结”的概念：线会相连、缠绕、断开，再重新连接；时间也像结一样流动。三叶并不知道，自己与泷之间隔着三年的时间。她所在的糸守町将在提亚马特彗星分裂后遭受毁灭，而泷所处的时间里，三叶本应已经死去。交换突然中断后，她剪短头发，带着未能说出口的心意走向祭典之夜。
在御神体所在的山顶，三叶与泷通过口嚼酒和黄昏时刻短暂相见。她得知灾难将至，也明白泷一路寻找的正是自己。返回身体后，三叶与敕使河原、早耶香一同尝试疏散镇民。她必须面对不相信神秘经验的父亲，也必须用自己的声音打破“反正不会改变”的小镇空气。即便记忆会在时间修正中消退，三叶仍在手心里留下无法写完的名字与强烈的思念。多年后，她在东京与泷再次相遇。宫水三叶的人生被时间、家族和灾害撕裂过，却也正因她愿意奔跑、呼喊和相信连接，才让本该断掉的线重新打成结。
三叶的改变并不是离开糸守才开始。敕使河原的行动力、早耶香的广播和祖母一叶对传统的解释，都让她在最不可能被相信的夜晚拥有了同伴。她必须从那个抱怨乡下、害怕被注视的少女，变成敢冲进町长室、直面父亲的人。彗星灾害后，糸守的命运被改写，三叶却失去与泷相连的清晰记忆，只留下不断寻找某人的空缺。到了东京，她不再只是想逃离家乡的人，而是带着断裂又重新打结的时间活下去的人。