鹿目圆原本是见泷原中学二年级的普通少女。她生活在温暖的家庭中，母亲询子在外工作强势干练，父亲知久照顾家务，弟弟达也年幼亲近。圆性格柔和，关心朋友，常觉得自己没有特别才能，只能在别人需要时尽力伸手。她的日常被一次梦境和转学生晓美焰打破：梦中的少女在废墟里战斗，现实中的焰则带着无法说明的熟悉感出现在她面前。
丘比向圆与美树沙耶香提出契约，承诺实现一个愿望，代价是成为魔法少女。圆最初并没有明确愿望，只是被巴麻美优雅而孤独的战斗吸引，想像她那样帮助别人。麻美的死亡让魔法少女的光辉迅速碎裂，沙耶香的契约和崩溃又让圆看见善意如何被系统扭曲。她并非胆怯地旁观，而是在不断失去中寻找自己真正能承担的选择。
圆的魔法潜能异常巨大。那不是偶然天赋，而是晓美焰一次次回溯时间、以圆为中心改写因果后积累出的结果。每一条时间线里，焰都试图拯救圆；每一次失败，都让圆背负更多可能性。圆并不知道全部循环，却能感受到焰的痛苦与固执。她曾在不同时间线成为强大的魔法少女，也曾化为足以毁灭世界的魔女。她的普通日常，被无数看不见的牺牲托住。
与麻美、沙耶香和杏子的相遇，让圆逐渐理解魔法少女并不是童话般的职业。麻美独自战斗的优雅背后是孤独，沙耶香为了上条恭介许愿后被嫉妒和自责吞没，杏子用冷漠保护自己却仍无法完全放弃他人。圆在这些人身边总想伸手，却一次次发现单靠善意无法改变系统。她的弓与粉色服装象征着她内心想守护一切的愿望，可真正把她推向最终选择的，是她亲眼看见每个愿望如何被丘比的规则转化为更深的绝望。
最终，圆没有许下单纯拯救某个朋友的愿望，而是选择从所有时间、所有宇宙中，在魔女诞生前亲手消灭她们。这个愿望超越了丘比系统的局部规则，重写了魔法少女的命运。圆因此从人类少女变成遍布时间轴的概念，被称为“圆环之理”。她不再能以普通方式存在于家人和朋友身边，世界也几乎忘记鹿目圆这个人；但每个绝望尽头的魔法少女，都能在终点被她接住。
圆的力量来自温柔，却不是天真的温柔。她见过魔法少女的死亡、背叛、孤独和魔女化，仍选择把所有痛苦纳入自己的愿望。对焰而言，圆是唯一绝不能失去的人；对圆而言，焰则是让她终于理解自己价值的人。鹿目圆的生平从普通教室、家中餐桌和朋友间的小烦恼开始，结束于超越世界的法则。她没有成为传统意义上胜利的英雄，因为她付出的代价是从日常中消失；但她的愿望让无数少女不再独自坠入最深的绝望。她被世界遗忘，却以看不见的拥抱留在每一次终点。