碇真嗣是NERV司令碇源堂与碇唯的儿子，14岁时被突然召到第3新东京市。母亲在初号机接触实验中消失后，他长期被父亲送离身边，与源堂几乎没有亲子生活。来到NERV时，真嗣并不知道自己要面对什么；使徒袭来、城市沉入战斗状态、受伤的绫波零被推到他面前，他在恐惧和父亲的冷漠中坐进EVA初号机。那句“不能逃”不是勇敢的宣言，更像是他在无人可依时勉强抓住的绳索。
真嗣的同步率很高，初号机也常在极限状况下回应他，但他从不是天生适合战斗的人。他害怕痛，害怕被讨厌，害怕自己不驾驶就会失去唯一的容身处。与第三使徒、第四使徒、雷天使和后续使徒的战斗中，他一次次被迫把自己的神经与巨大的兵器连接在一起。葛城美里收留他，让他第一次在NERV之外拥有饭桌和房间；铃原东治、相田剑介、洞木光让他短暂拥有学校生活；绫波零和明日香则以完全不同的方式让他意识到驾驶员都在各自的孤独中被推向战场。他会因逃离而被拉回，也会因同学受伤而第一次认真质问驾驶的意义。
真嗣的驾驶经历不断把“被需要”和“被伤害”绑在一起。初号机暴走时，他无法确定胜利究竟来自自己还是来自机体内部更深的意志；第十三使徒吞入他时，他在狄拉克之海般的孤独中直面母亲的残影；EVA三号机被使徒侵蚀后，源堂切换Dummy系统，让初号机在真嗣拒绝攻击的情况下摧毁同学所在的机体。真嗣想保护别人，却常在系统、父亲和战局推动下成为伤害别人的人。这种无力感比单纯的恐惧更深。
真嗣最深的伤口来自人与人之间无法稳定相连。源堂需要他驾驶初号机，却从不以父亲身份拥抱他；美里想保护他，也会把世界存亡压到他身上；明日香渴望被承认，真嗣却常无法回应；渚薰给了他近乎无条件的温柔，最后却要求真嗣亲手结束自己的生命。每一次靠近都伴随失去，每一次失去又让真嗣更想躲回耳机与沉默里。可他仍多次回到EVA中：为了救人，为了被需要，也为了不让已经发生的牺牲彻底失去意义。
旧剧场版中，NERV被战略自卫队攻陷，明日香与量产机战斗至崩溃，美里牺牲前把真嗣送向初号机。人类补完计划展开后，真嗣的内心成为世界崩解与重组的核心之一。他渴望没有伤害的融合，也恐惧失去“我”和“他人”的边界。绫波与莉莉丝引导他看见每个人心中的孤独，明日香的拒绝又让他重新面对他者无法被自己完全理解的事实。最终，他选择让人可以重新以个体形态返回现实，即使现实中仍有痛苦、拒绝和无法互相理解。碇真嗣并没有迎来英雄凯旋，而是在巨大计划、父亲阴影和世界末日的推动下，于最脆弱的地方承认自己仍想与别人相遇。