一之濑琴美是光坂高校三年级学生，常年待在图书室里读书。她成绩极好，在全国模试中也能名列前茅，尤其喜欢外文书籍和难懂资料。她说话慢，反应独特，常用像背诵一样的礼貌句子回应别人，不擅长普通同学之间的闲聊。旁人眼里，她像住在图书馆深处的天才少女，安静、漂亮，又有些难以接近。
琴美其实与冈崎朋也是童年旧识。小时候，朋也曾到她家玩，两人在庭院和书房之间度过短暂时光。琴美的父母是一之濑鸿太郎和水惠，都是研究世界理论的学者。她从父母那里继承了聪明和对知识的亲近，却也在一次飞机事故中失去了他们。父母离家参加学会时，琴美因孤独和误会烧毁了她以为是父母工作资料的纸张，从此把那段记忆封进心底。
再次相遇时，朋也最先看见的是一个总在图书室剪书页的奇怪少女。琴美不是出于恶意毁书，而是被过去的伤口牵引，像在重复无法说清的动作。朋也把她带出图书室，让她与古河渚、藤林杏、藤林椋等人相识。琴美努力学习打招呼、交朋友，也认真练习小提琴。她的小提琴声常让周围人痛苦，却也成为她笨拙融入大家的方式。
琴美的路线像一场缓慢的苏醒。她开始布置庭院，整理旧家，回想起父母的研究与离别。那只本应送给她的皮箱，曾在事故后被许多人接力送往世界各地，最终带着父母写给她的信回到她手中。信里没有责备，只有爱与祝福。琴美终于明白，父母真正留下的不是论文，也不是被她毁掉的纸，而是希望她被世界温柔对待的心愿。
接受过去后，琴美不再只是躲在图书室里的孤独天才。她仍然安静，仍然会说出让人跟不上的话，也仍然拉不好小提琴，但她已经拥有朋友，能在大家面前露出笑容。后来，她延续父母的道路，走向研究者的人生，把童年的伤痛转化为理解世界的力量。
她的聪明不是用来与人隔绝的墙，而是在重新相信爱之后，继续通向父母、朋友和世界的桥。那个漂流世界的皮箱抵达她手中时，琴美也终于从漫长等待中回到了自己的生活。